El Instituto de Hidráulica e Hidrología tiene como misión generar, planificar y ejecutar tareas de investigación y desarrollo (I&D) en el ámbito de las ciencias y la ingeniería de los recursos hídricos; prestar asesoramiento y servicios a instituciones relacionadas al campo de los recursos hídricos y formar personas que con su acción individual y colectiva y su visión de desarrollo sostenible de los recursos hídricos, promuevan los cambios éticos, políticos, económicos, culturales, científicos y tecnológicos, que permitan acrecentar la condición de progreso y bienestar de la comunidad.
El Instituto de Hidráulica e Hidrología es un centro de investigación ejecutor de proyectos de investigación que cumplan con objetivos de desarrollo nacional y regional, con excelencia en la investigación y docencia, con contenido de interacción social y vocación de servicio a solucionar problemas nacionales, transmisor de tecnología y relacionador eficiente con agentes académicos nacionales e internacionales.